O jovem Jan Magnussen a bordo do Penske Mercedes da Hogan Penske Racing durante a etapa de Laguna Seca, a última etapa do campeonato da CART de 1996.
Magnussen foi escalado pela Penske para substituir Paul Tracy na prova de Mid-Ohio, já que o canadense havia machucado a sexta vértebra em Michigan. O caminho de Magnussen para ocupar o lugar de Tracy naquela prova foi ajudado pela Mercedes, uma vez que o dinamarquês fazia parte do Mercedes-Benz Junior Team - e por coincidência ele havia estreado na Fórmula-1 em 1995 também em substituição a Mika Hakkinen na McLaren.
Na época Roger Penske comentou sobre a chegada do jovem Jan a equipe: "Desde os incidentes no Marlboro 500, tivemos tempo de nos reunir como uma equipe e formular um plano para seguir em frente. Temos a sorte de ter alguém do calibre de Jan para preencher para os nossos pilotos (Tracy e Emerson Fittipaldi). Jan tem uma vasta experiência em circuitos e estamos ansiosos por trabalhar com ele até ao final da temporada. ".
Jan estreou em Mid-Ohio largando na 18ª posição e terminando na 14ª posição, com duas voltas de atraso para o vitorioso Alex Zanardi, que na época já iniciava a sua caminhada para dominar a categoria pelos próximos anos.
Em seguida, Magnussen seguiu para a equipe Hogan onde ficou no lugar de Emerson Fittipaldi que iniciava a sua recuperação do terrível acidente de Michigan - que mais tarde selaria de vez a sua aposentadoria da CART. Jan fez uma boa qualificação em Road America ao fazer o décimo tempo, mas a sua prova não duraria muitas curvas ao ficar atolado na brita logo após a largada; em Vancouver fez o 19º no grid, mas abandonou na volta 48 após um principio de incêndio.
O seu melhor resultado na ocasião remonta ao GP de Laguna Seca, onde terminou em oitavo após largar em 16º.
Magnussen voltaria à CART em 1999 pela Patrick Racing ao fazer sete provas (Detroit, Mid-Ohio, Chicago, Vancouver, Laguna Seca, Houston e Queensland). Seu melhor resultado nestas provas foi apenas em Vancouver ao terminar na sétima colocação.
Jan Magnussen completa 48 anos hoje.
